団体運営には当然お金がかかりますから参加費をとっても全く問題はありません。特定非営利活動は利益をあげてはいけないというのではなく、利益があった場合、それを会員で分ける(分配する)ことを禁じているのです。利益があがった分は、次の特定非営利の事業を行っていく経費にあてれば問題ありません。なお、スタッフとして働いた人への報酬は、労働の対価として支出することができるため、利益の分配にはあたりません。